Este municipio hunde sus raíces en los yacimientos celtíberos que se encuentran en él, especialmente en el cerro de Cabeza Moya, haciendo de la riqueza de sus montes y ríos un lugar para el desarrollo de las poblaciones. Especialmente importante fue la Edad Media para el desarrollo del pueblo, cuando se construyó su castillo-fortaleza en el siglo XI por los árabes, y conquistado un siglo después por Alfonso VIII de Castilla, el mismo rey que al conquistar Cuenca en el año 1177, dio paso a reconquistar los territorios del Cabriel bajo la Corona de Castilla, quedando Enguídanos bajo el control del Obispado de Cuenca. Más importantes fue la condición de villa que se le dio a Enguídanos en 1555, antes aldea de Cuenca. También es relevante la detallada descripción que se hizo de la villa en las Relaciones Topográficas de Felipe II. Las guerras carlistas dejaron huella en este municipio, y tuvo gran despliegue arquitectónico y ferroviario con la llegada de la Segunda República y durante la Dictadura de Franco.